Несмотря на то, что изучению австралийской овчарки посвятили более полувека, эксперты до сих пор не пришли к единому мнению в вопросе касательно её происхождения. Считается, что порода была выведена в США, но история появления аусси всё же уходит корнями в Австралию и связана с именем Элизы Форлонг – родоначальницы разведения мериносов и производства высококачественной шерсти на южном континенте.
В тридцатых годах XIX века она вместе с семьёй обосновалась недалеко от Кэмпбелл-Тауна – небольшого города на востоке Тасмании (Австралия), – куда с мужем и двумя сыновьями эмигрировала из Шотландии. Здесь семейство основало ферму «Уинтон», на которой стали разводить овец, купленных в Германии и привезённых с собой. Смотрителем за отарами был нанят Йозеф Пабтс, последовавший за Форлонгами вместе со своими пастушьими собаками – тайгерами, которых сейчас называют старыми немецкими овчарками. Это подтверждённая версия о том, как прародители аусси попали в «Cтрану вверх тормашками».
Согласно другой теории, предком овчарки является австралийский кули, который более всего похож на современную аусси. Фермеры и заводчики предпринимали попытки вывести идеального четвероногого пастуха, для чего они скрестили австралийского келпи и скотогонную собаку. Помимо этого, в создании породы приняли участие тайгеры и бордер-колли. В результате селекции, превзошедшей все ожидания, был получен идеальный вариант собаки-пастуха. Животное обладало силой и выносливостью, было способно во время своей работы самостоятельно оценивать обстановку и принимать решение, не дожидаясь указаний хозяина. Одним из важных положительных качеств аусси было отсутствие агрессии к домашнему скоту.
В конце XIX века началось интенсивное развитие шерстяного рынка Америки. Основной упор был сделан на австралийских овец, которых привозили судами из Австралии. Вместе с ними завезли и пастушью породу собак, поразившую своими способностями местных скотоводов. Эти одарённые животные стремительно завоевали популярность в западных штатах, где более всего было развито овцеводство.
Именно Америка является родиной австралийской овчарки. Первым официально зарегистрированным заводчиком считается Хуанита Эли, которая вывозила мериносов из Австралии. Вместе с одной партией овец прибыл и пастух с собакой голубоватого окраса. Это была первая австралийская пастушья собака, приобретённая Хуанитой Эли, сделавшей огромный вклад в дальнейшее развитие породы.